目前诊断生殖器疱疹主要靠病史、症状和体征。在一些有条件的大医院可做病毒分离，用免疫荧光检查病毒包涵体，电镜检查病毒颗粒，酶联免疫吸附试验或放射免疫测定检测病毒抗原。
具体说来，生殖器疱疹(生殖性疱疹)的组织病理有如下的特征：
表皮内水疱，系细胞的气球变性及网状变性所致，疱内可见棘层松解细胞及多核上皮巨细胞。真皮乳头水肿，可见血管外红细胞，真皮内程度不等的炎症细胞浸润，有嗜中性白细胞、淋巴细胞等。
目前诊断生殖器疱疹主要靠病史、症状和体征。在一些有条件的大医院可做病毒分离，用免疫荧光检查病毒包涵体，电镜检查病毒颗粒，酶联免疫吸附试验或放射免疫测定检测病毒抗原。
[实验室检查]
l、细胞学检查：从疱底或溃疡面刮取少量组织作涂片，Wright-Giemsa染色或Papanicolaou染色，可检出HSV感染具特征性的多核巨细胞内的嗜酸性包涵体。但不能区别HSV感染或水痘-带状疱疹病毒感染，敏感性仅为病毒分离的60%。
2、细胞培养法：从水疱底部取材做组织培养分离病毒，为目前最敏感、最特异的检查方法，需时5天-lO天。因其技术条件要求高，价格昂贵，目前尚不能普遍使用。
3、抗体检测法：常用蛋白印迹法，也可用gD2作抗原检测HSV-2抗体，具有敏感性高，且能区分HSV-l和HSV-2的优点。
4、抗原检测法：如PCR检测皮损HSV的DNA，敏感性和特异性高，能大大提高生殖器溃疡病人中HSV确诊的能力，但费用昂贵，且受操作技术和实验室条件及设备的影响，容易出现假阳性，故用于临床诊断其准确性受影响。
[鉴别诊断]
生殖器疱疹是误诊率较高的疾病。有很多患者仅仅有一点轻度的包皮龟头炎，即被某些别有用心的所谓医生们诊断为生殖器疱疹，笔者就遇到数位这样的患者。有一些小门诊部受金钱的驱使，常常误导患者。下面介绍几个需要鉴别诊断的疾病。
(1)龟头包皮炎初起潮红、糜烂，但很少出现水疱。可有渗液，包皮水肿不能上翻，有时有脓性分泌物。依据不同的病因可分为外伤性龟头炎、接触性龟头炎、感染性龟头炎、念珠菌性龟头炎、阿米巴性龟头炎、滴虫性龟头炎、浆细胞性龟头炎等。
(2)硬下疳为硬性溃疡，边缘整齐。详见梅毒。
(3)淋病也可发生龟头包皮炎，但主要表现为急性化脓性尿道炎。
(4)固定红斑性药疹常常由于口服磺胺类药物或止痛类药物引起。发生于阴部，有红肿，常破溃，糜烂，也有复发，要仔细地询问病史。
(5)接触性皮炎。
